碱基对是由DNA和RNA中的氢键连接起来的一对核苷酸。这种遗传物质通常是双链的,其结构类似于阶梯,每一组碱基对构成阶梯的一个梯级。碱基对有许多有趣的特性,使它们成为人们感兴趣的话题,对许多遗传学家来说,理解碱基对是很重要的组成DNA的核苷酸是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)。在RNA中,胸腺嘧啶被尿嘧啶(U)取代。这些小化合物共同构成了生物体的遗传密码,腺嘌呤只能与胸腺嘧啶结合,胱氨酸只能与鸟嘌呤结合,这意味着,例如,当检查一条DNA链时,如果一根横档的一端有一个a,那么另一端一定有一个T嘌呤和嘌呤都是已知的碱基对,而胸腺嘧啶和胞嘧啶是嘧啶,嘌呤比较大,其结构使两个不能在梯子的一个梯级上装配,而嘧啶则太小这意味着腺嘌呤不能与鸟嘌呤形成碱基对,胸腺嘧啶不能与胞嘧啶形成碱基对,人们可以合理地问为什么嘌呤腺嘌呤不能与嘧啶胞嘧啶结合,为什么胸腺嘧啶不能与鸟嘌呤结合。答案与这些化合物的分子结构有关;腺嘌呤不能与胞嘧啶形成氢键,就像胸腺嘧啶不能与鸟嘌呤形成氢键一样。这些性质决定了碱基对的基本排列,在横档一端的化合物决定了碱基对的排列复合物则位于另一边,它需要大量的碱基对来组成一个基因,任何给定的DNA链除了被称为"非编码DNA"的部分外,还可以包含许多基因,"似乎没有任何功能的DNA。人类基因组中估计有30亿个碱基对,这就解释了为什么人类基因组要花这么长时间才能成功测序,而了解碱基对的排列并不能帮助人们了解特定基因的位置,以及这些基因的作用。在某种程度上,碱基对可以被认为是写遗传密码书的字母表。
腺嘌呤和胸腺嘧啶在DNA中形成碱基对,胞嘧啶和鸟嘌呤也是如此。

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