胞嘧啶是五种含氮碱基中的一种,它与一个五碳糖、戊糖和一个磷酸基团连接起来生成核苷酸。核苷酸是连接在一起形成DNA和RNA分子的单位。除胞嘧啶外,组成DNA分子的其他碱基是腺嘌呤、鸟嘌呤和胸腺嘧啶。在RNA分子中,尿嘧啶取代了胸腺嘧啶,尿嘧啶取代了胸腺嘧啶。碱基分为两类。腺嘌呤和鸟嘌呤是嘌呤碱和胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶是嘧啶碱,这两个基团的基本结构不同。嘌呤碱由两个原子环组成,而嘧啶碱只由一个环组成。这些碱基被称为含氮碱,因为这些环含有氮和碳原子DNA由四个碱基组成:胞嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶和鸟嘌呤。这些碱基总是与另一个碱基配对嘌呤碱基只与嘧啶碱基结合。嘌呤碱基从不与其他嘌呤碱基结合,嘧啶碱基从不与其它嘧啶碱基结合。特别是,胞嘧啶总是与鸟嘌呤成对,腺嘌呤与胸腺嘧啶或尿嘧啶成对,取决于DNA或RNA分子。这种配对称为特异碱基配对特定的碱基配对使分子更加均匀和稳定。如果嘌呤碱基只与嘧啶碱结合,DNA分子的两条链之间的距离将是均匀的,即双环和单环。如果一个嘌呤碱基与另一个嘌呤碱基结合,就会有双环与双环结合一个嘧啶碱基与另一个嘧啶碱基结合,一个环就会和一个环结合,如果是这样的话,DNA分子的结构将不均匀,它会根据配对的碱基而弯曲最后,特定的配对是由每个碱基的结构决定的。这种结构影响碱基结合的程度和氢键的数量。当胞嘧啶与鸟嘌呤键合时,两个碱基之间形成三个氢键;腺嘌呤与胸腺嘧啶或尿嘧啶键合时,只有两个氢键形成。只有这些碱基对才能在DNA分子中形成所需的氢键。DNA分子上的碱基序列形成了指令细胞制造特定蛋白质或基因的代码三联体碱基编码特定氨基酸的碱基,是蛋白质的组成部分。这个序列决定了哪些氨基酸要连接在一起,以什么顺序连接在一起。细胞中的蛋白质决定细胞的结构和功能,因此含氮的碱基携带着细胞的遗传密码
在DNA中,胞嘧啶仅与鸟嘌呤成对。

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