三域系统是Carl Woese于1990年提出的一种细胞生命分类方法。虽然三域系统最初遇到了一些反对意见,但由于支持Woese建议的科学发现,它后来被广泛接受。在三域系统下,所有的细胞生命可分为三个领域:古生菌、细菌和真核生物,每个领域又可进一步划分为界、门、纲等,动物是真核生物领域的四个领域之一。这个分类系统区分了真核生物、有核细胞的生物和两种原核生物,细胞缺乏细胞核的有机体。最初,古生菌和细菌都被归为原核生物,尽管每一类都有自己的王国。沃斯认为,古生菌和细菌是如此不同,它们实际上属于不同的领域,而不仅仅是单独的王国
三域系统中的细菌域只包含细菌王国古生菌和细菌主要与复杂的遗传学有关当Woese第一次发表他的建议时,基因研究似乎认为这两个王国是共同祖先的后裔,而且他们非常相似,不需要单独的领域。因此,最初人们对三域系统持怀疑态度然而,进一步的研究表明,Woese是对的,这些生物在基因上是如此的不同,以至于它们需要自己的结构域。古生菌和细菌都是原核生物,但它们的细胞结构明显不同,它们有非常不同的核糖体RNA,这表明这些领域在很久以前就发生了分歧,而且在很大程度上是不相关的古生菌,只有一个王国,也叫古生菌。细菌界也只有一个王国,称为细菌。真核生物可分为四个领域:动物、植物、真菌和原生生物。在每个领域内,有巨大的生物多样性,从极端亲生的古生菌,它们在会导致死亡的环境中茁壮成长地球上大多数其他生命都来自植物界脆弱的热带兰花。这个系统对研究原核生物的人来说尤其重要,由于三域系统强调了细菌和古生菌的区别,研究人员通常专攻其中一个领域,利用基因研究来了解他们研究的生物体的更多信息有些人仍然使用两帝国系统,它将细胞生命分为原核生物和真核生物,然后再分成各自的王国,但这种情况越来越少见古生菌,包括没有核膜的成员,如嗜热嗜酸菌,可在高温酸性水中发现。

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