厌氧菌是一种能够在没有氧气的环境中繁衍生息的有机体,在某些情况下,实际上可能需要一个氧气有限或没有氧气的环境。许多厌氧菌是微生物,但一些较大的有机体也是厌氧的,例如在热液喷口附近发现的巨大的管状蠕虫。厌氧菌引起人类的兴趣有很多原因,其中一个重要的原因是,当人类摄入厌氧菌时,它们会引起感染和疾病。
厌氧菌不需要氧气来生长。真正的厌氧菌被称为"专性的,"因为它需要一个没有氧气的环境,而且它不能在有大气氧气的地区生存。另一方面,兼性厌氧菌可以在氧气水平不同的地区生存,利用不断变化的条件。其他类型的厌氧菌有不同于标准的需氧量,例如微需氧生物,它们需要低水平的氧气才能生存。其中一些生物利用发酵来收集能量,而另一些则可能利用无氧呼吸,在这种呼吸中,气体与氧气以外的气体发生交换。对于兼性厌氧菌来说,既可以进行无氧呼吸,也可以进行常规呼吸,取决于生物体所处的环境。科学家可以用液体培养法将好氧生物与厌氧生物分离。好氧生物将聚集在培养物表面附近,以便它们能够获得氧气,而专性厌氧菌则会沉淀在底部。兼性的、微需氧的,相关的生物体会分布在培养物的中间,以找到它们所需要的氧饱和度水平,虽然水是液体,但能够在水中生存并不一定使生物体成为厌氧菌事实上,水中的溶解氧含量很高,因此,大多数生活在水中的生物需要氧气才能生存,尽管它们获得氧气的方式与水面生物不同。例如,鱼类通过鳃进行气体交换,将水通过鳃泵送,并在经过时捕获溶解氧。在某些情况下,厌氧菌会导致人类疾病。例如,肉毒毒素是由厌氧菌产生的,厌氧菌可以生活在已被污染的罐头食品中。其他厌氧菌实际上也有益处,就像微生物发酵牛奶产生酸奶、奶酪和其他乳制品一样,发酵也是葡萄酒和啤酒生产的关键。厌氧菌也可用于生产各种各样的化学品和其他有用的产品,利用生物反应器,在受控环境下对生物体是友好的,可以维持。

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